Il existe une controverse concernant l’authenticité de cette prophétie. Jean de Vézelay est décrit dans le livre de Galvieski comme l’un des cofondateurs de l’Ordre des Templiers, mais cet Ordre ne fut fondé qu’en 1118 alors que le manuscrit est censé avoir été rédigé en 1099. Par ailleurs, aucun des neuf fondateurs de l’Ordre ne s’appelait Jean ou même Jehan. Pour cette raison principalement et quelques autres d’ordre linguistique, Le Protocole Secret fut assimilé à un faux. Selon certaines sources, toutefois, Jean de Vézelay pourrait en fait avoir appartenu à un autre Ordre qui existait à la même époque, soit Les Hospitaliers de l’Ordre de Saint-Jean de Jérusalem. Bien que cet Ordre n’ait été reconnu par le Pape Pascal II qu’en 1113, les Hospitaliers étaient présent dès l’an 1077 et l’Ordre en lui-même fut créé par Gérard Tenque juste après la conquête de Jérusalem par les Croisés, en 1099, l’année présumée de la rédaction du manuscrit. Il est donc possible que Jean de Vézelay, communément appelé Jean de Jérusalem, corresponde en fait au nom initiatique d’un hospitalier de l’Ordre de Saint-Jean de Jérusalem et qu’il y ait eu confusion entre les deux Ordres.
Quoi qu’il en soit, Jean de Vézelay, en véritable visionnaire, avait tout perçu des événements que l’humanité allait devoir traverser, depuis l’attaque du 11 septembre jusqu’à l’avènement de la nouvelle ère, prédit pour 2012. Les trente premières strophes sont l’inéluctable résultat de la déchéance humaine tandis que les dix dernières apportent un formidable espoir à tous les artisans de la lumière et de la paix dans le monde.
Bien plus claires et précises que les prédictions de Nostradamus, malgré leur plus grande antériorité, Les prophéties de Jean de Jérusalem (Jean de Vézelay) éclaire notre présent, mais surtout notre futur sous un jour tout à fait nouveau.